Three Sisters tire son nom d'une technique agricole indigène encore largement utilisée de nos jours, qui consiste à planter trois cultures différentes - dans ce cas, des citrouilles, du maïs et des haricots - à proximité les unes des autres. Le maïs fournit un treillis sur lequel les haricots peuvent grimper, les haricots apportent l'azote de l'air dans le sol et la courge constitue un paillis naturel qui réduit les mauvaises herbes et éloigne les parasites.

Dans le jeu, vous avez votre propre feuille de joueur avec plusieurs zones : le jardin, qui est divisé en six zones numérotées, chacune contenant les trois types de cultures ; le rucher ; le compost ; les plantes vivaces ; les marchandises ; les fruits ; et le hangar, qui est rempli d'outils ayant des capacités spéciales. Toutes les cultures, tous les fruits, toutes les fleurs et toutes les ruches sont représentés par des pistes que vous marquerez au fur et à mesure que vous acquerrez ces éléments. De nombreuses pistes sont reliées à d'autres éléments du jeu, ce qui vous donne des bonus en cours de route. Une caractéristique commune de ces pistes est la présence de cercles représentant une récolte, qui génère des marchandises ; obtenez suffisamment de marchandises, et vous débloquez des actions bonus. En avançant sur toutes ces pistes, vous obtenez des points, des avancements et des bonus en quantité variable. Après huit tours, vous marquez des points pour les récoltes, les plantes vivaces, le rucher, les fruits et certains objets de la remise. Celui qui a le plus de points gagne.

Three Sisters dispose d'un mode solo dans lequel vous essayez de faire mieux que votre propre score contre un adversaire virtuel qui lance des dés et bloque des zones de votre feuille.